沉淀池運行管理的基本要求是保證各項設備安全完好，及時調控各項運行控制參數，保證出水水質達到規定的指標。為此，應著重作好以下幾方面工作。
避免短流
進入沉淀池的水流，在池中停留的時間通常并不相同，一部分水的停留時間小于設計停留時間，很快流出池外；另一部分則停留時間大于設計停留時間，這種停留時間不相同的現象叫短流。短流使一部分水的停留時間縮短，得不到充分沉淀，降低了沉淀效率；另一部分水的停留時間可能很長，甚至出現水流基本停滯不動的死水區，減少了沉淀池的有效容積。總之短流是影響沉淀池出水水質的主要原因之一。形成短流現象的原因很多，如進入沉淀池的流速過高；出水堰的單位堰長流量過大；沉淀池進水區和出水區距離過近；沉淀池水面受大風影響；池水受到陽光照射引起水溫的變化；進水和池內水的密度差；以及沉淀池內存在的柱子、導流壁和刮泥設施等，均可形成短流形象。
加混凝劑
當沉淀池用于混凝工藝的液固分離時，正確投加混凝劑是沉淀池運行管理的關鍵之一。要做到正確投加混凝劑，必須掌握進水質和水量的變化。以飲用水凈化為例，一般要求2-4小時測定一次原水的濁度、pH值、水溫、堿度。在水質頻繁季節，要求1-2小時進行一次測定，以了解進水泵房開停狀況，根據水質水量的變化及時調整投藥量。特別要防止斷藥事故的發生，因為即使短時期停止加藥了也會導致出水水質的惡化。
及時排泥
及時排泥是沉淀池運行管理中極為重要的工作。污水處理中的沉淀池中所含污泥量較多，有絕大部分為有機物，如不及時排泥，就會產生厭氧發酵，致使污泥上浮，不僅破壞了沉淀池的正常工作，而且使出水質惡化，如出水中溶解性BOD值上升；pH值下降等。初次沉淀的池排泥周期一般不宜超過2日，二次沉淀池排泥周期一般不宜超過2小時，當排泥不*時應停池（放空）采用人工沖洗的方法清泥。機械排泥的沉淀池要加強排泥設備的維護管理，一旦機械排泥設備發生故障，應及時修理，以避免池底積泥過度，影響出水水質。
防止藻類
在給水處理中的沉淀池，當原水藻類含量較高時，會導致藻類在池中滋生，尤其是在氣溫較高的地區，沉淀池中加裝斜管時，這種現象可能更為突出。藻類滋生雖不會嚴重影響沉淀池的運轉，但對出水的水質不利。防止措施是：在原水中加氯，以抑止藻類生長。采用三氯化鐵混凝劑亦對藻類有抑制作用。